• Le 07 novembre 2019
    Campus Centre Loire

Début octobre, un Symphony A5.2 a été installé dans les locaux de la plate-forme Cytocell. Ce cytomètre de pointe acquis par le biais de la SFR-Santé donne accès à une nouvelle strate d'analyses en bioinformatique. L'équipe de la plate-forme Cytocell se tient à la disposition des chercheur.e.s qui souhaitent l'utiliser.

La plate-forme Cytocell vient d'acquérir un Symphony A5.2 commercialisé par BD Biosciences. Ce cytomètre analyseur à 32 paramètres complète le parc d'équipements de la plate-forme nantaise de cytométrie en flux et tri cellulaire, à la disposition de la communauté scientifique.
 

Symphony"Avec cet appareil, nous participons à un saut technologique, souligne Nicolas Jouand, responsable technique de la plate-forme Cytocell. Jusqu'ici, l'analyse sur les appareils de la plate-forme était limitée à 19 paramètres avec environ 262 000 canaux d'informations enregistrés par paramètre. Ce nouveau cytomètre permet d'analyser 32 paramètres avec un potentiel de 18 à 24 millions de canaux pour chacun. Par ailleurs, l'appareil est équipé de 5 lasers (355, 405, 488, 561 et 637 nm), de photomultiplicateurs (PMT) et de systèmes de détection nouvelle génération. De telles caractéristiques assurent une acquisition de données avec moins de perte de signaux, une meilleure résolution, de moindres compensations et des phénomènes de spread limités."

L'arrivée de cet équipement s'inscrit dans le cadre d'un bouleversement majeur des approches d'analyses en cytométrie en flux amorcé depuis quelques années au profit de techniques non supervisées et semi-automatisées en bioinformatique. Le Symphony A5.2 est livré avec la version 10.6.1 de FlowJo favorisant l'accès, par une interface graphique simple et pratique, aux outils de clustering et de réduction de dimension comme opt-SNE, UMAP et FlowSOM. Enfin, l'appareil acquis par la plate-forme Cytocell est le seul en France à être pré-équipé de la technologie Cascadegone indispensable pour l'analyse de données en cytométrie spectrale. Actuellement en cours de développement chez BD Biosciences, cette technologie doit permettre de porter à 50 le nombre de paramètres analysables par cellule unique.

Moyennant une formation préalable par l'équipe Cytocell, les chercheur.e.s du site nantais pourront utiliser cet équipement de pointe de manière autonome. Tout projet devra impérativement être discuté avec la plate-forme en amont de la réalisation des panel afin d'optimiser leur design en fonction de la question biologique. "Cela permettra non seulement de spécifier le voltage à appliquer pour chacun des paramètres détectés en fonction du type cellulaire étudié, mais aussi et surtout de définir le choix des couleurs dans le panel de manière à induire le moins de perte de résolution possible tout en écartant le bruit électronique de l'appareil", précise Nicolas Jouand.

La tarification est actuellement en cours d'élaboration. Les équipes intéressées sont invitées à prendre contact dès maintenant avec l'équipe de la plate-forme Cytocell.

Partenaires

Cette acquisition de l’Université de Nantes par le biais de la SFR-Santé pour un montant total de 448 375 a été financée dans le cadre du CPER (Contrat de Plan Etat-Région) Translat 2015-2020 avec l'aide du Feder (Fonds européen de développement régional) et des co-financements de Biogesnouest et du Labex IGO.