PF GenoBiRDLes deux plates-formes qui composent GenoBiRD proposent un service complet pour mener à bien des projets partant de la paillasse jusqu'à l'analyse des données :
  • séquençage
  • génotypage
  • analyse d'expression des génomes

Elles mettent également à disposition des équipements, cluster de calcul, etc.




Crédit photo : Stéphane Bellanger

Savoir-faire

génomiqueLa plate-forme de Génomique est reconnue pour ses compétences pour les applications suivantes :
 
  • analyse de données de transcriptome (RNA-seq, 3'seq RNA Profiling, puces à ADN)
  • séquençage massif (NGS) : génomes ou exomes entiers, capture de gènes ciblés.
  • génotypage haut-débit (sur puces Affymetrix Axiom)
La plate-forme de Bioinformatique BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et développe des pipelines bioinformatiques dédiés permettant de standardiser l’analyse.bird
 
  • analyse de données de séquençage NGS (détections de variations génétiques)
  • analyse de données de transcriptome (RNA-seq, 3'seq RNA Profiling, Puces à ADN)
  • analyse primaire de données de génotypage haut-débit
  • analyse de données du microbiote (16S, Shotgun Metagenomics en développement)
Crédit photos : Université de Nantes

Types de prestations

GenoBiRD offre deux types de prestations :
  • conduite de projets : toute demande de projet est discutée lors d'une réunion avec le porteur et ses collègues, afin d'établir une fiche d'engagement dans laquelle est décrit le cahier des charges auquel la plate-forme s'engage, ainsi que les modalités de rendu des résultats et le délai de la prestation.
  • mise à disposition :
    • d'équipements de génomique : leur utilisation inclut une formation et un accompagnement technique par le personnel de la plateforme, si cela est nécessaire. La formation initiale est organisée pour tout nouvel utilisateur.
    • de ressources bioinformatiques : cluster calcul et stockage, pipelines SnakeMake. Leur utilisation nécessite l'ouverture d'un compte et l'acceptation de la charte BiRD.

Exemples de réalisations

GenoBiRD accompagne une trentaine de projets par an. Elle est notamment partenaire des projets :
 
  • SysMics : cluster de recherche intégrée en génomique labellisé par l’I-SITE NExT, qui repose sur l’infrastructure GenoBiRD. SysMics vise à fédérer la communauté NExT autour d’un objectif commun : anticiper l’émergence de la médecine systémique en co-développant 3 approches de criblage génomique à grande échelle : le séquençage de génomes de populations de patients, le profilage génomique sur cellules uniques et la méta-génomique appliquée au(x) microbiote(s). SysMics a pour première mission de construire sur le site toutes les ressources nécessaires à l’implémentation ou la consolidation de ces 3 approches. La seconde étape sera de combiner ces approches dans le contexte de projets pilotes en immunologie,, cancérologie et physiopathologie des maladies cardiovasculaires, métaboliques, respiratoire et neuro-digestives.
  • INEX-MED : INtegration and EXploration of heterogeneous bio-MEDical data. L’objectif de ce projet pilote soutenu par l’IFB est de développer une infrastructure pérenne pour l’intégration, l’exploitation et la modélisation (sémantique/statistique) sur des sources de données hétérogènes et des infrastructures de calcul multi-sites dans le domaine biomédical.
     
  • RegioCard “Regulome and cardiac pathophysiology”: l'équipe génétique de l'institut du thorax développe des stratégies basées sur le génome entier pour les pathologies de troubles du rythme cardiaque et mort subite. En outre, ils s'intéressent particulièrement à l'étude du rôle des variants dans la région non codante du génome, siège de la régulation génique. Ils ont développé des programmes de recherche sur l'épigénétique cardiaque pour annoter fonctionnellement les régions régulatrices des gènes.
  • SIRIC ILIAD : Le programme PISTER regroupe les équipes de cliniciens, universitaires  et chercheurs du CHUN, de l’ICO, du CHUA, du CRCINA, du LS2N, du LAREMA  et du laboratoire de mathématiques Jean Leray. Il s’appuie sur l’expertise multidisciplinaire des acteurs ligériens en  recherche clinique et translationnelle en oncologie (mécanismes  moléculaires de l’apoptose, résistance et hétérogénéité tumorale,  oncoimmunologie, virus oncolytiques, ….) associée à un réseau de  mathématiciens et bioinformaticiens.
  • RHU CHOPIN : Le premier objectif de l'équipe 4 de l'institut du thorax est d'améliorer le décryptage du métabolisme hépatique et intestinal des LDL afin d'identifier de nouvelles voies de régulation et finalement de nouvelles cibles thérapeutiques pour l'hypercholestérolémie.
     
  • CEPH Recherche : Projet Pilote de stockage sécurisé de données massives en exploitant la technologie CEPH sur un principe de mutualisation des équipements et des personnels des membres partenaires (CCIPL, BiRD (institut du thorax/SFR-Santé), LS2N, CEISAM, DSIN).
  • IFB Biosphère :  L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) fournit aux scientifiques une fédération de services Cloud en bioinformatique pour analyser les données des sciences de la vie. Biosphère est utilisée pour la production scientifique, les développements, et pour soutenir des événements tels que les sessions de formation scientifique, les hackathons ou les ateliers.
  • ELIXIR Interoperabillity Platform : L'objectif de la plate-forme d'interopérabilité est d'aider les personnes et les machines à découvrir, accéder, intégrer et analyser des données biologiques. Elle encourage la communauté des sciences de la vie à adopter des formats de fichiers, des métadonnées, des vocabulaires et des identificateurs normalisés et travaille au niveau international pour atteindre ses objectifs.
  • MIBIOGATE : Le projet Mibiogate est un projet d’Etude des Barrières Biologiques et  leur Microbiote dans le développement de Maladies Chroniques, soutenu  par la Région Pays de la Loire. Le consortium créé vise à structurer un  réseau de recherche spécialisé dans l’étude des dysfonctions des  barrières biologiques des différents organes dans les pathologies  chroniques d’intérêt.

Equipements

  • 3 séquenceurs haut-débit (Illumina NovaSeq, HiSeq et MiSeq)
  • 1 station de génotypage et profilage d'expression (Affymetrix GeneTitan MC)
  • 1 appareil de PCR en temps réel (Roche LC480)
  • Clusters de calcul pour la bioinformatique représentant 1600 coeurs et 800 To de stockage

Applications

Les multiples applications en génomique ne sont pas limitées en termes d'espèces étudiées. Elles peuvent s'appliquer dans les domaines de la mer, de l'agronomie, de l'environnement et de la santé.