TRIP-Nantes a pour objectif de favoriser la création à façon de rats transgéniques, knock-out (KO) ou knock-in (KI) visant à développer des modèles d'études nécessaires aux différents utilisateurs de la plate-forme. TRIP-Nantes fait aussi l'immunophénotypage des rats génétiquement modifiés et génère des anticorps monoclonaux humains à partir de rats humanisés pour leurs gènes d'immunoglobulines.

Et depuis 2018, la plate-forme GenoCellEdit (GCE) est venu se rattacher à TRIP. GCE a pour objectif de promouvoir l'édition à façon du génome des cellules, en particulier avec le système CRISPR/cas9 (clustered regularly interspaced short palindromic repeat) dont la spécificité nucléasique est guidée par un petit ARN, appelé sgRNA. Celle-ci offre une solution complète, depuis le conseil dans la conception du projet jusqu'à la vectorisation de l'outil en passant par la formation technique.

La plate-forme TRIP-GCE se situe dans les locaux de l'unité UMR 1064 qui possède une expertise reconnue en immunologie du rat et dans l’édition de gènes avec les nucléases artificielles et le transfert de gènes. Elle est hébergée dans l'animalerie de l'Inserm UMR 1064 (350 m2) et comprend une pièce isolée pour la micro-injection (13 m2), un espace de laboratoire (50 m2), des chambres de reproduction exclusivement pour les rats transgéniques / KO (150 m2) et une pièce avec des portoirs ventilés pour maintenir des animaux au statut SPF. La biologie moléculaire, culture cellulaire, cytofluorimétrie et la biochimie des protéines s'effectuent dans les laboratoires de l'unité Inserm 1064 (~ 100 m2). Depuis 2011, l'unité Inserm 1064 dispose également d'un espace (100 m2) dans l'animalerie de l'IRS-UN.

La plate-forme est labellisée IBiSA depuis 2008. Elle est certifiée ISO 9001:2008 depuis décembre 2012 et depuis 2018 ISO 9001:2015.


Savoir-faire

  • Développement de lignées de rats permettant le marquage ou la délétion de populations spécifiques
  • Développement de lignées de rats immunodéficients afin de mettre en place une plate-forme de rats humanisés pour différents organes et systèmes
  • Nouvelles techniques de transgénèse et d'ingénierie génétique
  • Technique d'électroporation de zygotes par système Crispr/Cas9 avec des oligos
  • Mise en place d'un service de génération d'anticorps monoclonaux humains
  • Mise en place de l'utilisation d'iPSC de rat pour l'ingénierie génétique
  • Design in silico des sgRNA ciblant le site génomique d'intérêt
  • Validation fonctionnelle in cellulo des sgRNA
  • Design du donneur ADN pour modifier à façon le génome et sa détection
  • Vectorisation de l'outil (plasmides, ARN, vecteurs viraux)
  • Conseil sur la stratégie, le type de Cas9, les vecteurs et leur utilisation

Types de prestations

  • Développement de rats KI et KO par microinjection des zinc-finger nucléases, TALE nucléases et CRISPRs dans des zygotes, générer des rats transgéniques par microinjection d'ADN ou des vecteurs lentiviraux (produits localement
  • Immunophénotypage chez le rat par cytométrie polychromatique afin de mesurer des paramètres quantitatifs de façon normalisée et standardisée
  • Prestation de base : design et validation des sgRNA, vectorisation dans un plasmide, conseil et accompagnement du projet
  • Caractérisation de l'activité secondaire (off-target) (selon l'espèce)
  • Prestation à façon : selon le souhait de l'utilisateur, des tâches peuvent être partagées avec la plate-forme pour une exploitation optimale des ressources respectives.
  • Recherche et développement

Equipements

  • 1 station de microinjection
  • 1 cytomètre (FACSVERSE) et 1 trieur (achat en cours)
  • 1 électroporateur NEPA21 pour zygotes
  • équipements d'animalerie, de biologie moléculaire et de biologie cellulaire

Applications

  • Biologie/biotechnologies
  • Immunologie
  • Biologie cellulaire et moléculaire
  • Médecine, santé humaine
  • Physiologie
  • Biotechnologie : lignées productrices (transgènes introduits par un locus spécifique)
  • Création de modèles d'animaux (maladies, développement)
  • Etude fonctionnelle d'un gène à l'échelle cellulaire et de l'organisme
  • Imagerie cellulaire et de l'expression génique : Knock-in d'un gène rapporteur (Ex: GFP)
  • Ingénierie génétique des cellules iPS
  • Résistance à des pathogènes
  • Thérapie génique : insertion ciblée du vecteur, correction génique
  • Thérapie anti-virale

Publications récentes

  • Etablissement de lignées de rats immunodéficients. Menoret S. et al. Transplantation. 2018 Aug;102(8):1271-1278
  • Génération de modifications géniques dans l'embryon de rat par électroporation de CRISPR/Cas 9 dans le zygote. Remy S*, Chenouard V * et al. Sci Rep. 2017 Nov 29;7(1):16554. *equal contribution
  • Isolement par tri « single cell » de cellules B spécifiques d‘Ag  à partir d'une population hétérogène de lymphocytes B. Ouisse LH* (PF TRIP), Gautreau-Rolland L* (UMR_S 892) et al. BMC Biotech. 2017 Jan 9;17(1):3. *equal contribution