Vos échantillons
- Séquençage
| Séquençage |
Quantité Vous envoyez au laboratoire : |
Format d'expédition / commentaires |
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Plasmides ( par multiples de 8 ) (avec votre amorce spécifique inclue) |
200 - 300ng plasmide 0.5µl d'amorce à 10µM qsp 7µl final (compléter avec H2O ultra-pure) |
Barrettes de 8 puits, Applied Biosystems Micro AmpTM ou Au delà de 4 barrettes, utilisez des plaques Applied Biosystems MicroAmp TM optical (Applied Biosystem, réf : N801-0560). |
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Plasmides (Par multiple de 8 avec une même amorce) |
200 - 300ng plasmide qsp 6.5 µl final (compléter avec H2O ultra-pure) |
Barrettes de 8 puits, Applied Biosystems Micro AmpTM ou Au delà de 4 barrettes, utilisez des plaques Applied Biosystems MicroAmp TM optical (Applied Biosystem, réf : N801-0560).Nous fournir les amorces dans des tubes à part. (type eppendorf) Prévoir 1µl d'amorce à 10µM par réaction de séquence. |
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Produits de PCR purifiés (Exosap) (avec amorce spécifique inclue) |
5µl de produit de PCR purifié (Purification Exosap selon protocole plate-forme) par séquence 0.5 µl d'amorce à 10µM Volume final= 5.5µl |
Barrettes de 8 puits, Applied Biosystems Micro AmpTM ou Au delà de 4 barrettes, utilisez des plaques Applied Biosystems MicroAmp TM optical (Applied Biosystem, réf : N801-0560). |
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Produits de PCR bruts (sans amorce) (Par multiple de 8 avec une même amorce) |
Prévoir 5µl de produit de PCR par séquence. !!! Joindre la photo du gel de migration des produits de PCR et du marqueur de taille en indiquant la concentration et le volume utilisé lors du dépôt. |
Barrettes de 8 puits, Applied Biosystems Micro AmpTM ou Au delà de 4 barrettes, utilisez des plaques Applied Biosystems MicroAmp TM optical (Applied Biosystem, réf : N801-0560).Attention ! Ces produits PCR ne doivent contenir ni BSA, ni DMSO, ni huile. Ne pas rajouter l'amorce dans les échantillons. Nous fournir les amorces dans des tubes à part. (type Eppendorf) Prévoir 1µl d'amorce à 10µM par réaction de séquence. |
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Réactions de séquences non purifiées (réalisées par vos soins avec le Kit ABI Big-Dye V3.1 ou V1.1) |
Plaque 96 puits : 10 µl réactions de séquence non purifiées |
Plaques Applied Biosystems MicroAmp TM optical (Applied Biosystem, réf : N801-0560) Envoi par multiple de 48 (Si autre format, contacter le personnel de la plateforme) |
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Réactions de séquences purifiées (réalisées par vos soins avec le Kit ABI Big-Dye V3.1 ou V1.1) |
Plaque 96 puits : 10 µl réactions de séquence purifiées Plaque 384 puits : 5 µl réactions de séquence purifiées |
Plaques Applied Biosystems MicroAmp TM optical (Applied Biosystem, réf : N801-0560) Envoi par multiple de 48 Indiquer votre méthode de purification |
Si vous avez plusieurs demandes de séquençage à faire dans la même semaine, vous devez regrouper vos échantillons dans un même envoi.
Dans le cas, ou vous auriez à déposer le même jour, des produits à séquencer de types différents ( produits de PCR et plasmides), il s'agit de deux demandes distinctes. En conséquence, vous devez :
Placer les échantillons dans des barrettes ou des plaques séparées.
Prévoir 1 mail associé à « une fiche d'accompagnement » et « une feuille de route » pour chaque type de produit à séquencer.
- Amorces disponibles sur la plate-forme :
| Nom | Séquence (5'>3') |
| SP6 | ATT TAG GTG ACA CTA TAG |
| CMV | CGC AAA TGG GCG GTA GGC GTG |
| CMV Pro for | ATG GGC GGT AGG CGT G |
| T7 PROM | TAA TAC GAC TCA CTA TAG GG |
| T7 TERM | GCT AGT TAT TGC TCA GCG G |
| M13 rev | CAG GAA ACA GCT ATG ACC |
| EBRV-R | GTG GTT TGT CCA AAC TCA TC |
| p-REP-F | GCT CGA TAC AAT AAA CGC C |
| T3 | ATT AAC CCT CAC TAA AGG GA |
| V5 (C-TERM) | ACC GAG GAG AGG GTT AGG GAT |
| IRES rev | CCT CAC ATT GCC AAA AGA CG |
| SV40pro_F | TAT TTA TGC AGA GGC CGA GG |
| M13F | TGT AAA ACG ACG GCC AGT |
- OPTION
- Génotypage (Analyse de fragments, marqueurs microsatellite)
| Génotypage | Quantité Vous envoyez au laboratoire : |
Format d'expédition / commentaires |
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Echantillons traités dans votre laboratoire Par multiple de 48 |
Plaque 96 puits : 10 µl réactions de séquence purifiées Plaque 384 puits : 5 µl réactions de séquence purifiées |
Plaques 96 et 384 puits: Applied Biosystems MicroAmp TM optical La Formamide utilisée doit impérativement être de qualité Hi-Di |
| Dyes utilisés sur la Plate-forme | filtreF( DS-32), 5-Fam. JOE. NED.ROX |
| filtreD(DS-30), 6-FAM.HEX.NED.ROX | |
| filtreE(DS-02),dR110.dR6G.dTAMRA.dROX.LIZ | |
| filtreG5(DS-33), 6-FAM.VIC.NED.PET.LIZ |
Tous les puits de la plaque doivent contenir une solution avant injection capillaire. Les puits vides sont à remplir avec de l'eau.
- Pour la réalisation de votre première feuille de route de génotypage veuillez contacter le personnel de la plate-forme.